O Ágar CCI é usado para a detecção de Cronobacter spp. em produtos alimentícios e ingredientes destinados ao consumo humano e à alimentação de animais. Ele também é usado para o controle de amostras ambientais de produção.
O Ágar CCI é usado em particular para a detecção de Cronobacter sakazakii e spp. em leite em pó, produtos desidratados e seus componentes encontrados em alimentos infantis.